A Área de Proteção Ambiental, compõe o Grupo de Unidades de Uso Sustentável, conforme o inciso I, do Artigo 14 da Lei nº 9985/00 do SNUC (Sistema Nacional de Unidades de Conservação). São extensas áreas que possuem ecossistemas importantes para região, com mais alguns atributos ambientais, e um grau de ocupação humana. Em seu perímetro, deve possuir uma Zona de Vida Silvestre (ZVS), que são áreas abrangidas por remanescentes da flora original e Áreas de Preservação Permanente.
Nestes locais, conforme a lei federal, a APA é classificada como uso direto de recursos naturais, onde permite-se a ocupação e exploração de recursos naturais, seguindo as normas de proteção da área. Assim, como coexistem as atividades de áreas urbanas e rurais, as terras são de domínio privado (podendo ser pública também), e não há desapropriação pelo poder público.
Elas destacam-se por serem Unidades de Conservação, mas que aliam o desenvolvimento sustentável com a harmonização da conservação e recuperação ambiental com as necessidades humanas. Em Santa Catarina, há duas APA: A de Anhatomirim, localizada em Governador Celso Ramos, e a Baleia-Franca.
A APA Anhatomirim, segundo o Decreto nº 528/92, objetiva assegurar a proteção de população residente de boto, sua área de alimentação e reprodução, bem como os remanescentes de Floresta Pluvial Atlântica e fontes hídricas que possuem relevante interesse das comunidades da região.
A APA da Baleia Franca, abrange 156.100 hectares de águas costeiras, ao longo de 130 km de costa de Florianópolis ao Balneário Rincão, de forma a assegurar a proteção da área reprodutiva das baleias francas.
Bruno Palha, Diretor de Fiscalização Ambiental, informa que apesar de abranger a região de Florianópolis, a competência de fiscalização está sob a FATMA.