Atualmente, o Conselho é presidido pelo Secretário Municipal de Saúde, Dr. Carlos Alberto Justo da Silva e conta com 32 Conselheiros. Além disso, 43 Conselhos Locais de Saúde e 4 Conselhos Distritais de Saúde atuam em conjunto para melhorar a saúde pública de Florianópolis cada dia mais. O Conselho Municipal de Saúde tem 28 anos de luta em defesa do SUS público, universal, gratuito e de qualidade.
A pandemia da Covid-19 fez com que as atividades do Conselho fossem realizadas de forma remota. Reuniões e encontros com os Conselhos Locais de Saúde, Conselhos Distritais de Saúde, formações, atividades das comissões de saúde mental, saúde bucal, orçamento e finanças, câmara técnica, rodas de conversa e Plenárias foram feitas constantemente.
A administração municipal reconhece a importância do Conselho Municipal de Saúde para o serviço público da capital e sua relevante atuação no enfrentamento da pandemia de coronavírus em Florianópolis.